大自然保护协会于1998年进入中国，12年来，与中国政府相关部门合作开展了自然保护区规划和能力建设、淡水生态保护、气候变化、全国生物多样性保护远景规划，推进国家公园建设和创建社会参与型保护地等多个领域的保护项目，此外协会中国部还建立了保护策略与信息中心，为国家和地方的生态保护提供科学方法和解决方案。目前协会中国部集中力量在气候变化、长江淡水生态系统保护、保护地等三个优先领域开展工作。

       TNC应邀与云南省人民政府合作，共同编制了《滇西北保护与发展行动计划》，寻求因地制宜的保护策略，把自然生态保护与经济发展有机结合起来，保护滇西北珍贵的生物及文化多样性，并促进当地的可持续发展。该《行动计划》成为了云南省“十五”计划的专项规划之一。

       依此《行动计划》，在中国西南山地生物多样性最具代表性的滇西北三江并流地区，TNC相继成立了云南办事处以及丽江、香格里拉、德钦和贡山四个田野办公室，并选定了五个生物多样性丰富的区域，与当地政府和其他合作伙伴密切合作，开展了一系列实地保护项目。10多年以来，TNC的保护项目和保护工作延伸到丽江市的拉市海、德钦县的梅里雪山、横跨滇西北四个地州的老君山、香格里拉县的香格里拉大峡谷和普达措景区、贡山县的高黎贡山自然保护区北段、广西金秀大瑶山、长江入海口的崇明岛东滩湿地、北京的松山、以及内蒙古的呼伦贝尔。根据总部的2015计划和保护策略，TNC于2008年10月成立了北亚区，以进一步加强机构在中国和蒙古国的生态保护项目。

       TNC在中国的工作得到了中国政府的高度重视和肯定。2002年2月7日，前国家主席江泽民接见了TNC前董事会主席亨利•鲍尔森(Henry Paulson)先生、TNC亚太区发展部主任卡罗尔•福克斯(Carol Fox)女士、中国部首席代表牛红卫女士，和中国部高级顾问爱德•诺顿(Ed Norton)先生等，仔细听取了牛女士关于滇西北保护与发展行动计划的汇报，肯定了项目的工作，对TNC为中国生态环境保护所做的努力表示赞赏, 并鼓励TNC将滇西北的成功保护工作推广到中国更多的地方。

       2002年TNC在北京成立办公室，相继与国家发改委、国家环保总局（现国家环保部）、国家林业局、国务院扶贫办等相关部委签署了合作框架协议，启动了一系列全国性的保护项目，包括协助制定全国生物多样性保护远景规划，加强自然保护区建设与管理，推动绿色木材采购和森林认证制度，推广森林碳汇试点项目和国际标准，探讨长江流域保护的有效途径与方法等。目标是将TNC在全球其他地方获得的成功经验应用到中国更多的地区，促进中国建设资源节约型和环境友好型的社会，推动中国的可持续发展。